Os Metadados são informações sobre os dados dos registros. Alguns metadados estão incluídos no esquema de dados do OBIS e descrevem as características dos registros individuais (por exemplo, método de amostragem). Outros metadados chamados "Descoberta" descrevem um conjunto de dados. O OBIS exige que os fornecedores de dados forneçam os metadados “Descoberta” antes da publicação dos dados para permitir a comparação dos dados publicados, com o que foi antecipado, e estar ciente de como a publicação dos dados previstos contribuirá para OBIS. Uma citação padronizada é importante para permitir aos usuários citar o conjunto de dados corretamente. Outros metadado, tais como de amostragem, taxonômicos, informações geográficas e informações de habitat, permitem que o OBIS identifique as lacunas nos dados e outras características de exploração dos dados, tais como um filtro que permite aos usuários selecionar os conjuntos de dados com dados planctônicos.
Os campos dos metadados “Descoberta” do OBIS são: Nome do banco de dados, Citação (dados que os usuários podem usar para citar o banco de dados no formato padrão do autor, ou editores, título (descritivo), instituição de origem, a cobertura taxonômica, a cobertura geográfica, a cobertura temporal, a cobertura do habitat, total de registros de distribuição, o número total de táxons, método de coleta, a fonte de dados, sumário (descreve o banco de dados), o Contato Científico (responsável pela coleta de dados e precisão), Contato Técnico (responsável pela gestão dos dados), Website, Data do preenchimento do formulário, Publicações oriundas destes dados (assim os usuários as podem ler para obter mais detalhes sobre as origens dos dados e seus usos). Quando normas existem para os campos de metadados, estas devem ser cumpridas, mas ainda não existem normas para os campos habitat, taxonômico e metadados de amostragem. OBIS está colaborando com iniciativas internacionais (incluindo MEDI do IODE) para desenvolver padrões de metadados ecológicos marinhos que se baseiam em ISO, FGDC, GCMD e outros. Colaborações entre o OBIS a NASA e o GCMD desenvolveram o Diretório Principal do OBIS no GCMD: http://gcmd.gsfc.nasa.gov/KeywordSearch/Home.do?Portal=OBIS&MetadataType=0
